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第一节 政治治乱交迭
遵义地域为清代中央政权完全控制后，政治变化与全国基本一致。康熙削藩时，吴三桂叛乱祸及遵义。乱平后至雍乾时期，社会相对安定。咸丰年间，与太平天国起义、贵州咸同起义相呼应，遵义爆发了杨龙喜起义和号军起义，与全国反洋教斗争相呼应，发生了遵义教案为代表的多起教案。农民起义与反洋教斗争，成为全国反帝反封建斗争的有机组成部分。
一、清军入遵与吴三桂叛乱
1644年（明崇祯十七年，清顺治元年），明朝灭亡，清朝定都北京，标志着清王朝取得全国统治权；但尚未控制全国所有地域，明朝宗室在南方先后建立了几个朝廷，时间最长的是西南地区的南明永历政权。
也于1644年在四川成都建立大西政权的张献忠，永历元年（清顺治四年，1647年），在与清军作战时中箭身亡，其部将孙可望、李定国等率大西军退往时属四川的遵义军民府及贵州、云南地区，改变原来反明的立场，实行联明抗清的政策，支持南明永历政权。遵义军民府及贵州、云南地域成为抗清的重要基地，大西军成为抗清的有生力量。
大西军抗清节节胜利，占领了西南、中南广大地域，清廷已准备放弃湖南、江西、广东、广西、四川、贵州、云南7省，与永历政权议和，而永历朝廷及大西军内部的矛盾却进一步发展起来。永历朝廷内，锦衣卫指挥马吉翔、内监庞天寿等与内阁吴贞毓等的争斗愈演愈烈，大西军内，孙可望野心日大，对李定国的嫉妒之心日强，欲谋杀之以绝后患。永历八年（顺治十一年，1654年），马吉翔等借孙可望之手，在永历朝廷所在的贵州安龙，杀害了宰相吴贞毓等18人（今安龙尚存“十八先生墓”）；永历十一年（顺治十四年，1657年）八月，孙可望以14万兵力攻云南李定国部，兵败，逃回贵阳；十月，率数十骑逃奔长沙，向洪承畴投降。清廷封他为义王，后康熙在狩猎时以错射为名，将他射死。
清军根据孙可望提供的情报，并以他作向导，于顺治十五年（永历十二年，1658年）四月派兵30万，分三路向遵义军民府及贵州、云南地区进攻：卓布泰，线国安部自广西攻贵州黄草坝（今兴义县），洛托、洪承畴部自湖南攻贵阳，吴三桂、墨尔根部自四川攻遵义军民府。
清军出兵的当月，吴三桂部攻下桐梓，五月攻占遵义，六月攻占绥阳、真安州，十一月占领仁怀。洛托、洪承畴部于当年夏占领龙泉（今凤冈）、湄潭、余庆。顺治十七年（永历十四年，1660年）清兵护送浙江山阴人胡舜封赴婺川任知县，至此，今黔北全境置于清朝的管辖之下。
清军占领了贵州、云南，永历帝逃往缅甸，康熙元年（永历十六年，1662年）三月，为清军所执，被吴三桂绞死于昆明。吴三桂于康熙四年（1665年）平定水西（今黔西）安坤叛乱后，获得了云南、贵州两省节制总督与巡抚的大权。他拥兵自重，与朝中权臣鳌拜相勾结，一时权倾朝野。
康熙十二年（1673年）春，朝廷尽撤广东尚可喜的藩兵，吴三桂自信云贵防守非他不可，也假意上书请求撤兵，清廷顺势准请，令其撤往山海关外。眼见权力被夺，当年十一月在昆明举兵反清。很快占领了贵州，其部将王屏藩攻占了时属四川的遵义与桐梓，今黔北其他地域也相继被其控制。一年内，吴三桂先后攻占了云南、贵州、四川、湖南、广西、福建等省及甘肃、陕西、湖北、江西、浙江等省的部分地区。
《遵义府志·年纪三》引录陈瑄康熙二十四年（1685年）所纂“府志”之记述：“自十二年冬至十九年春，吴逆残寇据遵义，逃兵肆掠，惨独甚。”
康熙十七年（1678年）三月，吴三桂在湖南衡州（今衡阳）称帝，八月暴病而亡，其孙吴世璠承其“帝位”。次年，吴世璠之太傅马宝据有遵义。“二十年三月，提督周卜世复遵义府，马宝弃城走。”（《遵义府志·年纪三》引《东华录》）
吴三桂叛乱，使刚刚开始恢复的生产遭到极大破坏，土地荒芜，人口锐减。据《遵义府志·户口》记载，遵义军民府“原额户口三万八百八十四户”，而讨平吴三桂的次年，“康熙二十一年户口，人丁共七千二百六十三”。当时实行的是“以户作丁、一户一丁的计算方法”（王育民《中国人口史》第八章第一节：《清初的户籍制度》），据此计算康熙二十一年（1682年）的人口不到吴三桂叛乱如的四分之一。
二、调整区划与安定社会
康熙二十六年（1687年），裁各府“军民”二字，遵义军民府改称遵义府。
遵义府及其所辖的遵义、绥阳、桐梓、仁怀四县及正安州，于雍正五年（1727年）由四川划归贵州管辖，与原属贵州思南府的婺川、石阡府的龙泉（今凤冈）、平越府的湄潭与余庆等县，形成黔北地域。
正安州即原真安州，因“真”与雍正之名胤禛中的“禛”字形近音同，为避讳，雍正二年（1724年）改“真”为“正”，此州包括今正安县、道真仡佬族苗族自治县。
包括今仁怀、赤水二市及习水县的仁怀县，时县治在留元坝（今赤水市城区），雍正八年（1730年），县署迁生界坝宝峰寺，十三年（1735年）迁亭子坝（今仁怀市城区）。仁怀一县分为三个行政区，发端于雍正、乾隆年间。
仁怀县治从留元坝迁走后，雍正九年（1731年）移遵义府通判（管钱粮、缉捕事宜）驻管，称遵义分府；乾隆三年（1738年），改设为仁怀厅，属遵义府，划仁怀县之仁怀、河西、土城三里归其管辖；乾隆四十一年（1776年）改为仁怀直隶厅，属贵州粮储道管辖；光绪三十四年（1908年）改为赤水厅，属遵义府。后于民国二年（1913年）改为赤水县。
乾隆三年（1738年），于仁怀厅之温水（今习水县温水镇）置温水汛；道光二十年（1840年），移遵义府经历和遵义协右哨千总驻温水汛所，名温水府经，划丁山、小溪、吼滩三里归其管辖，属遵义府。后于民国三年（1914年）设温水分县，次年设鰼水县。
遵义府及其四县一州划归贵州的时间，乾隆《贵州通志》记为雍正五年（1727年），《清世宗实录》记为雍正六年（1728年）。遵义府在明代即为协济贵州粮饷的地区之一，划归贵州后，增强了贵州的财力，黔北为贵州最为富庶的地区。
贵州在清代的行政区划，省以下第二级为府、直隶厅、直隶州，第三级为县、厅、州。嘉庆、道光年间，贵州全省二级有十二府、三直隶厅、一直隶州，三级有三十四县、十一厅、十三州。今遵义市辖区分属三府、一直隶厅、一直隶州的八县一州：遵义府的遵义县（今红花岗区、汇川区、遵义县）、绥阳县、桐梓县、仁怀县（今仁怀市、习水县）、正安州（今正安县、道真仡佬族苗族自治县），思南府的婺川县，石阡府的龙泉县（今凤冈县），仁怀直隶厅（今赤水市），平越直隶州的湄潭县、余庆县。
清初在调整行政区划以加强管理的同时，还采取了抚辑流亡、赈济灾民、救灾免赋、减轻瑶役、奖励开垦等安定社会与发展生产的措施。
抚辑流亡，顺治六年（1649年）就已谕告相关部门：“凡各地逃亡民人，不论原籍别籍，必广招徕，编入保甲，俾之安居乐业。”（《清世袓实录》卷四十三）清廷控制今黔北地域后，也迅速实施了这一规定。
赈济灾民，减免粮赋，抚恤鳏、寡、孤、独及残疾人等等，据道光《遵义府志·蠲恤》记载，从顺治十八年至乾隆六十年（1661～1795年），先后33次下诏，或减免赋税，或赈济抚恤，使包括今黔北地域在内的百姓的生活得到一定的舒缓。
如平定吴三桂乱后的康熙二十五年（1686年），上谕：“……又湖广、湖南、福建、四川、贵州地方，昔年为贼窃据，民遭苦累，今虽有宁宇，更宜培养，以厚民生。一体蠲免，用昭恺泽。直隶顺、永、保、河四府及四川、贵州两省，所有康熙二十六年应征地丁各项钱粮，俱着蠲免；二十五年未完钱粮，亦着悉以豁除。”
顺治初年制定的垦荒办法，本域为清廷控制后，亦得到较好贯彻。据道光《遵义府志·赋税二》记载，遵义县“自康熙二年清丈起至十一年止，原额上中下旧地三千三百七十一顷四十九亩二分三厘”，“自乾隆五年至嘉庆十八年，原额全熟上中下田地十万七千九百三十一亩三分六厘一丝一忽六微”，1顷等于100亩，一百多年间，田地面积增加约20%。
历史上所称的“康雍乾盛世”时期，今黔北地城当时总体上也较为安定，生产也得到较快发展。
三、咸同起义与遵义教案
乾隆嘉庆年间已孕育的社会矛盾，道光年间进一步加剧。道光二十年（1840年）鸦片战争后，朝廷将战争损失及巨额赔款转嫁到人民头上，人民生存受到严重威胁。过去，田赋为产量的十分之一，道光时却为二分之一，增加了两倍多；官府又遍地设卡，连零星物品也征收厘金；屯军与官绅掠夺农民土地以种植罂粟；外国教会势力与民众的矛盾也日益尖锐。反剥削反压迫的斗争时有发生。如道光二十年九月，仁怀县穆继贤、谢法真等就公开发动起义，转战三个多月，一度迫使仁怀、桐梓县城城门紧闭。规模最大的，是席卷贵州全省的咸同大起义：在太平天国起义的影响下，咸丰四年至同治十一年（1854～1872年），此伏彼起的多次大规模起义长达19年。在黔北，主要为杨龙喜起义与号军起义。与此同时，反对列强利用教会进行侵略的斗争也多次在贵州全省爆发，在黔北，影响最大的是遵义教案。这些起义与反教会侵略的斗争，是全国反帝反封建斗争的有机组成部分。
杨龙喜起义爆发于咸丰四年（1854年）八月。杨龙喜，字凤，桐梓九坝人，时为桐梓县衙差役。另一领导人舒光富，人称舒裁缝，遵义县芝麻坪人，参加独山杨元保起义失败后来到桐梓。时桐梓知县张克伦，贪得无厌，横征暴敛，激起全县绅民甚而一些胥役的不满。杨龙喜与舒光富在九坝宣布起义后，八月初六即率千余人占领桐梓县城，建立江汉政权，改九坝为赛波府、桐梓为兴州。杨龙喜以江汉皇帝名义布告天下，谴责清朝统治者“严派军需，逼捐加税”，决心“除暴虐，安良善”。十月，派李时荣率千人攻占仁怀，更仁怀为新开，并把起义军势力发展到四川的綦江、合江与南川一带。杨龙喜率主力攻克娄山，直逼遵义城下，扎营雷台山（在今红花岗区延安路中段东侧）。围困遵义时，起义军已发展到两万多人，分出三路攻打黔西、绥阳和正安。
咸丰五年（1855年）正月上旬，清政府调川、黔两省官军“合剿”。官军一月三十日攻占赛波府，继而占领兴州与开州。攻绥阳、正安的义军也遭受重创。杨龙喜于二月初二撤离遵义，经黔西、大定（今大方）、毕节、都匀、麻哈，四月二十日，义军败于石阡葛彰司，杨龙喜受伤自刎。舒光富回到芝麻坪，组织余部与官军对抗，咸丰六年（1856年）正月初三在漆树湾被官军杀害。起义最终失败。
今桐梓九坝镇有起义军点将台、兵工厂、造币厂遗址；围遵义城时的雷台山营盘遗址为遵义市重点文物保护单位。
咸丰四年至同治十一年（1854～1872年）声势浩大的号军起义，是由白莲教支派斋教、灯花教等组织发动的，这是贵州各族农民起义军中势力最大的一支。起义军以不同颜色的旗帜头巾为标记，分为红号、白号、黄号、青号等几支。杨龙喜、舒光富起义失败后，余部有的也加入了号军。
在黔北影响较大的有刘义顺领导的白号军，何得胜领导的黄号军，石洪明、谭继虞、吴元彪等分别领导的青号军。号军在黔北活动的时间为咸丰五年至同治七年（1855～1868年）。
咸、同年间，太平军还几度进入贵州，转战黔北的桐梓、遵义、绥阳、正安、仁怀及温水等地。
咸丰八年（1858年）的《天津条约》和咸丰十年（1860年）的《北京条约》，让英法等国扩大了殖民特权，可在内地传教，人民反抗外国侵略者利用宗教进行侵略的斗争也随之发生，由此而引起的与外国的纠纷，当时称之为教案。黔北的遵义、桐梓、仁怀、绥阳等县皆先后多次发生过教案，影响最大的是遵义城三次教案中同治年间的遵义教案。
同治八年（1869年）五月初，天主教教民杨希伯等殴打庆祝炎帝节迎表人杨树勋，激发积怨，遵义百姓于端午节冲进杨柳街天主教堂，捣毁物品，法籍教士3人在官府保护下逃走。同治十年（1871年），清政府派成都将军崇实，贵州巡抚曾璧光与法国代理贵州主教任国柱对以遵义教案为主的9起教案进行商讨，一并结案，赔银7万两，并流放双方当事人。以前的反教会斗争，以官绅为首，团民为基本力量；遵义教案以城市人民为主，标志斗争进入了新的阶段。光绪八年、十年（1882、1884年）遵义又两度发生反教会侵略的斗争。
